- 时间:2021-06-24 03:50 编辑:邵星颖 来源:蚂蚁资源 阅读:199
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摘要:大家好,今天给大家介绍关于进化树又称系统树系谱树(生物进化树怎么分析)的相关内容,详细讲解在分类上,生物进化树两大主干的分类等级是什么,什么是进化树,求八年级生物地理升学考试常考题目等,希望可以帮助到您。
在分类上,生物进化树两大主干的分类等级是什么,这是一个边界。植物行业和动物界限。
什么是进化树,进化树,英语进化树。在生物学中,它用于表示物种之间的进化关系,也称为“系统树”,“人节树”。生物分类主义和进化论远离各种生物关系之间的独特关系,将各种生物放在分支树上,简明地代表生物体之间的演化历史和亲密关系。 Evolution树上的每个叶节点代表一个物种。如果每一侧被赋予适当的重量,则两个叶节点之间的最短距离可以指示相应的两个物种之间的差异。 。从进化树上也可以看出,在生物进化中存在法律,这是来自水生到土地,从低到高,从简单到复杂。
求八年级生物地理升学考试常考题目,这是一卷I卷(共有50分),共有25个问题,每小事总共2分,共50分。在每个问题中列出的四个选项中的每一个中,只有一个是最具成本效益的。 1.作为主要河流与黄河和渤海相连,东营城市的主要河流是全面的治理,已成为群众景色的美丽风景。观察显微镜下的广场水,发现一些可以移动的绿色颗粒,以下不能用作判断这些小颗粒的基础是A.有一个细胞结构B.有压力C.身体很小而绿色。 D.可以增长再现2.正确的盖板幻灯片是成功制作Tempy的关键艾莉电影。图1显示了临时片剂的盖子滑块的操作,正确为3.细胞是生物结构和功能的基本单元,洋葱上皮细胞和人口上皮细胞具有结构1细胞壁2细胞膜3线粒体4个核5叶绿体6中央大液体浸泡7细胞质A.123 4 B. 23 47 C.2 36 7 D. 23454。下表显示了课程查询的实验设计“温度的温度”黄色粉末的寿命“,但它不完美,下面的IT修改是正确的,黄色粉末温度的位置,上侧的左上半侧,15°C,合适的纸箱,右半侧,右半侧,黑暗30°C适用于A.黄色粉的数量左侧和右侧的TS可以是不同的B.它应该保持在30°C C。左侧和右侧应保持在黑暗环境中D.左侧和右侧可具有水分5.2012黄河口国际马拉萨国家马拉瑟竞争于5月13日在我们的城市举行,来自55个国家(该区域地区参加了竞争。在竞争中,运动员努力努力,他充满了红色和出汗。这反映了哪些功能皮肤?A.保护和调节体温B.排除和感受外部刺激C.调节体柔和排泄物D.排除和保护6.1864德国科学家萨克斯管将Geranium的绿叶放入12小时,然后转动刀片半曝光E,半二手锡箔遮蔽。在一段时间之后,用碘蒸汽处理叶片。发现叶片的曝光部分具有蓝色,并且遮光部分显示棕色(图2),实验可以证明1个光合作用需要水2光合作用需要光热动作需要叶绿素4光合作用淀粉A.12 B.24 C.34 D. 2 3 7.在学习“人类生殖和发展”之后,一个同学已经完成了以下摘要,错误是A.人们的发展从婴儿的出生B.蠕动鸡蛋蠕动从蛋壳中发育早期营养素来自卵泡的C.弹簧形成胎卵是一个输卵管D.卵巢8被制作并分泌女性荷尔蒙是卵巢8.图3显示了一些人体在人体的一部分中,其中箭头表示血流方向,误差是A.如果B是肺毛细管网络,则C的血氧含量由肺循环增加,而且营养含量不变B.如果B是毛细管网络,则C浓度富含营养。甲纤维血液C.如果B是肾小球毛细管网络,那么代谢废物的代谢废物的静脉血液D.如果B是肾小管外毛细管网络,则C是含有营养素的营养素9.以下连接可以正确地表明生物体与其气体交换之间的生物交换是1. - 体墙2蝗虫 - 阀门3鱿鱼 - 4鸽子 - 肺和安全气囊5鲸 - 肺A.124 B.145 C.123 D.13 5.10.图4是平静呼吸肺气压中某人的变化曲线。在测试分析曲线BC段的变化中,胸蓟醇的前后右侧直径改变。答:前后路径增加,左侧和右路降低。 B.减少前后路径,增加左侧和左直径,左侧和左直径增加D.前后路径和左右直径减小。 11.作为山东省的省级鲜花,有“民族色彩天翔”,“花王之王”说,省内有800多种品种广泛种植。 2012年,菏泽赵银昌开了六种品种,三种“贝斯汀”牡丹,被人们所爱。他利用A.种子的生殖方法B.嫁接C.组织培养D。克隆技术12.图5鸟的“我的家”启示人民,保护动物多样性的根本措施是A.禁止发展和使用任何生物资源B.保护动物栖息地C.控制有害动物D.宣传保护动物的重要性13.孙武,我国春秋的末端,孙武,孙武,是古代精益,围王县,及其第22世代,孙淑泉,是吴国国的开幕式。皇帝。孙泉的遗传物质被确定为从孙武继承。 A.静态基因B.Y染色体C.x染色体D.协调体14.合理平衡的饮食有利于我们的健康和增长发展。在日常生活中,我们应该科学每天排列三顿饭,图6可以代表各种食品每天三餐的合理分配比。 15. 2012年3月31日8:30〜9:30,世界147个国家和地区参加了低碳生活主题的“地球一小时”,以关掉光接力续活动。低碳是指更低的温室气体(二氧化碳)排放。图7显示了碳循环的一部分,以下相关分析是正确的。生物参与该方法包括生产者,消费者B.通过2工艺,2个方法不能降低大气中的二氧化碳C.人类减少到3个依赖性被钙的温室效果D.碳循环的重要措施无机环境中的碳酸盐D各种生物16.在天然草地生态系统中,如果狼因某些疾病而导致,图8中的曲线可以是正确的。较长时间的兔子数为17.当用显微镜观察洋葱表皮细胞时,第一次使用的目镜为5倍,物镜为10×;目镜为10×,物镜为45倍。然后,在第二次观察到的情况A.视力亮,细胞数量大,视觉是暗的,细胞数量小,视觉数量,细胞数量,细胞数量,细胞数18.如果细胞数为18.对于图9,各种概念之间的关系,以下选项与第1234a种子植物Quenzimenia Le一致AF植物单焦型B基因DNA染色体核心核血浆血液细胞D中心神经系统脑脑脑脑皮肤39.根据卫生部发布的信息,2012年5月9日,下表显示了国家的前五种传染病疾病法定传染病今年4月的流行病。在相关传染病的情况下,以下是正确的。艾滋病3392816结核病12883169狂犬病9788手和口腔疾病23747877病毒乙型肝炎13498968A。传染病导致B.传染病可用于预防C.在疾病是艾滋病患者中,上述传染病具有最高的死亡率,在疾病的早期阶段普遍存在疾病。 20.目前,我国邻里的整体水平仅次于日本,36.17%,在世界上排名第二。青年近视不仅影响当前的学习,而且对未来的工作和学习产生了很大影响。以下措施无法阻止近视。 A.阅读写作单词一小时应该休息一下B.眼睛和预订约30厘米的距离约30厘米C.阅读写词时间,更强,更好的D.每天仔细持续21.柱状地图(图10)长方形高度表示氧气和血红蛋白在A,B,C,B和丁的四个组织中的结合。尝试推测A,B,C. A. A B. B C. C. C. Ding 22.学习生物学,帮助我们构建良好的习惯,减少损害或拯救生命,让我们活得更健康。您认为以下做法是不正确的。 A.可以判断非处方药,购买和使用,还要注意使用药物安全性B.当使用皮肤时,通常用于与同种异体皮肤C反应。当止血救出受伤时主要的动脉出血,有必要压缩伤口的远心终端动脉D.我发现某人的气体中毒,立即打开门窗,将其移动到通风,呼叫“120”并进行人工呼吸23.简单,直观的表示生物学的生理过程,图11显示了一种生理活性,其代表与不同生理活性有关的物质,并且箭头代表材料的方向进出。以下是错误是A.如果光合作用是s化学,1234是二氧化碳,氧气,水,有机物质B.如果它呼吸到示意图,1234是氧气,二氧化碳,有机物质,水C。如果显示蒸腾,则为水蒸气D.绿植物在白天进行光合作用和蒸腾,晚上呼吸24.在活动中呼吸,随着“阅读文献工作时,有一张剧集”是A.聋人打手势B.鹦鹉的温和宠物C.宠物狗计算数学D. Wang Mei Repertoire 25. 2011年9月中国中医研究所首席研究员认为,Artemisinin - 一种治疗疟疾的药物已经获得了Lask临床医学奖,这是最先进的世界级奖中国生物医学到目前为止的AL社区。疟疾是我国的法定B样疾病,疟疾传播道路是A. Diamond,Air B.饮用水和食品C.吸血鬼arthropod D.联系东营市2000级初中学生学术检查生物试验问题II卷26272829303132:总分离:本主题包括7个小问题,除特殊标签外,每空1点,共50分。评分26.(8分)于2012年5月18日,第一条黄河三角洲湿地花节壮丽地开了。位于黄河尾巴,华宝华正在盛开,银色是无辜的,绿色的波浪漂浮,但蝴蝶飞,白李香。请分析以下问题:(1)“风柔软,吹,花是弦乐”,从生命中那里鲜花,花是____________; “成千上万的树木鲜花,蜂蜜来,花是昆虫的媒体,在结构中,昆虫的特征是____________________________的特点。(2)榕树的果实是一个狭窄的豆荚(图12),与多种种子,因为每个Banyan Springs都有______________。(3)在花中,团队团队的蜜蜂飞翔,忙着,收集花蜜在花中。蜜蜂蜂蜜属于____________。(4)蜜蜂是完全变态的昆虫,它的发展过程应该通过____________________________。蜜蜂属于节肢动物,节肢动物的主要特点是______________________________________。(5)Shurami是透明的,蜂蜜是厚,光和香,RICH在维生素和氨基酸中,是蜂蜜中的圆顶。一名学生想知道惠花蜂蜜是否含维生素C,请帮助他完成实验设计:①采取A,B两个清洁试管,每毫升注射液__________________。 ②逐滴加入稀释的蜂蜜Sophora用滴管的试管,逐步添加到试管B中逐滴加入的试管,在摇动时滴加,以观察溶液管颜色的变化。 3如果溶液管中的颜色在溶液管的溶液中褪色或浅,则意味着根本笼含有维生素C. 27. Reviwers得分(7分)你有没有注意到这样的现象?有些人可以在舌头或凹槽形状的两侧滚动到管状形状,有些人cand舌头,舌头和实际上是非体积卷是一对相对的舌头特征。在学生们在学生获得遗传变异知识时,对这种情况的遗传选择是相对特征的研究。他们向所有学生发出了问卷,恢复了分类统计结果后显示如下;儿童父母特质的数量特质家族特质滚动舌头滚动舌头的第一类89非非滚动舌头舌头089 160秒级非滚动舌滚动舌头10456第三类学生Retroflex Retroflex 9723 120( 1)利用调查问卷了解Retroflex Retroflex和非遗传病例的组,这属于科学探究的基本方法y__________。 (2)根据表数据推断,___________主导特质。 (3)相同的特征是父母的三类家庭,但父母和孩子出现在不同的特质中,这种现象的原因是___________________________________________________________________。 (4)舌舌的体积和舌剂由体积非受控基因,基因片段具有特定_________遗传效应。 (5)如果显性基因是T,则使用隐性基因使用T.第三类非布线儿童的基因是______,请在圆圈的右侧右侧绘制右侧。与染色体的关系。 (6)如果在第二类妇女中的一对夫妇,第一个孩子是一个非卷曲的舌头,那么再生孩子的机会是________。得分28.(7分)“快乐向前”是山东电视乐观渠道推出的群众娱乐计划。它非常关注“努力工作”,“进步”,“快乐”特征。 2011年7月“快乐的前锋匆匆”,使“我们的东营人民有一个梦想自己的心”的概念,这些概念在东营海鸿港最佳。 (1)“三,二,一,行动!”沿着密码,玩家立即踩到“疯狂的跑道”并开始激情。 __________________耳朵接收声波在刺激运动员神经冲动中,神经冲动传递到听觉__________________________由听觉神经相关。 (2)在“水平衡木”中,玩家灵活调整姿势,准确协调运动,维护NG的身体平衡主要依赖于_______的调整功能。 (3)通过___________________________完成,播放器运行,跨度,反弹,攀爬等,该_______________________在紧张系统和其他系统的统治下完成。 (4)竞争中的球员的各种运动和生理活动需要足够的能量,而且能源来自_______________________。 (5)游戏中更多的氧气进入玩家腿的骨骼肌,肺中的氧气→肺毛细血管→肺静脉→左心室→左心室→主动脉→下肢动脉→下肢动脉→骨骼肌。这是这样的,请说明腿部骨骼肌二氧化碳产生的方式进入肺部:由腿部骨骼产生的二氧化碳SCLE→________________________________________________________________________________。 (2分)Subtock人们29.(7分)是一种澳门,身体形状和马,但耳朵很长,尾巴是尾巴,可以忍受粗糙的食物,重负,强大,适应性强。俗话说:“天龙肉,家庭的理由”,东营的地方是历史悠久的“番石油菜”,着名。请根据您学到的知识分析以下问题:(1)是哺乳动物的生殖发展特征_________________;是草药,牙齿是________________________特征。 (2)从营养的角度来看,肉类中的氨基酸非常全面,营养价值相当高,氨基酸是_________的基本组成部分。 (3)真空包装的储存方法可以使肉质保质期为12个月,原则是___________________________。 (4)在市场上,肉价一般比食品的价格比较昂贵,尝试分析从生态系统能量流动的角度来看的原因:__________________________________________________________________________________________________________________________________________________。 (5)(5)我国的传统屠宰模式使动物在恐惧和痛苦的状态下,动物会分泌大量的肾上腺激素,造成心跳加速血压,引发生理反应,将有很多肉质影响。肾上腺素调整生命活动是en通过________________的抨击。现在我的国家颁布了“新鲜肉类健康行动”,主张实施“人性”屠宰。得分30.(7分)进化树也被称为“系统树”,“Pedalree树”,简明地代表了生物体的进化历史和亲密关系。该树从根部延伸到树梢代表地质时间,主要代表代表了彼此各种生物学组的演变。根据图14,答案:(1)树根[a]代表________________,它生活在_______________。 (2)由于__________________之间的差异,演变了两个代表不同的生物群体的主干。 Evolu两个主要代表的分类单位树是_______。 (3)鸟类和哺乳动物由普通的原始祖先演变[] ________________。 (4)C和蕨类植物之间的差异是_______________________。从进化树上可以看出,生物进化的整体趋势是______________________________________。子评估师31.(5分)您必须在生活中具有这样的经验,并且酵母面粉生产的食物尤为柔软。学习发酵技术后,您可能希望尝试这样做。收获柔软,美味,每个人都喜欢吃,不要难做。 1.材料:面粉,市售酵母,糖少,温水,盆,大碗,蒸笼。 2.方法:1洗手以及您需要的东西。 2用少量温暖的碗打开酵母水。 3提取盆中面粉和适量的糖,加入酵母液体,用手揉搓。加水,同时舔,直至它是干湿合适的面食。 4将面团放入温暖的地方,以发酵4至5小时。 5将面团放入蒸锅中并蒸发30分钟。 6拆下蒸佩格,冷却后切成小块。请分析答案:(1)酵母细胞结构主要是_____________________________________与细菌相比。 (2)酵母用温水打开酵母的原因是____________________________________。 (3)将面团放在温暖的地方,因为_____________________________。 (4)蒸渗透蛋糕软多孔,因为__________________________________________________是由热膨胀引起的。 (5)学生将面团球中的一个封闭的持有装置发酵,结果蒸海绵蛋糕和一些酒精,你可能会认为原因是_________________________________________________________________________。从32.(9分)由于缺光,光线就足够了,生长期长,结合使用黄河水灌溉,形成独特的品质 - 晶体清晰,粘度,酒精香味,富含营养素,并被世界卫生组织的认可“处方食品。请分析:(1)东营温带大陆气候,充足的光线,长长的增长,黄河水中的沉积物含有各种化学元素,有利于米饭生长。它可以bE看到影响大米的非生物因素增长___________________________。 (2)“道海祥说,冯怡,听了蛙声”,请在稻田生态系统中写一条食品链________________________________。 (3)“大草 - 稻(F8)”种植在严重的盐基物上,并将新品种加入黄河口中。科学家利用水稻基因数据库培养多个品种的米饭是_________在农业生产中的多样性。 (4)作为主食,营养米饭在主贮藏中的桌子上___________种子米;完整的米粒属于结构层的_________。 (5)有些人喜欢用米水倒花,他们认为水稻含有促进植物生长的营养素。淘宝水吗?LLY促进植物生长?您如何认为,请制定一个假设,并设计勘探实验证明。你所做的假设是___________________________。您的探索计划是(3分):东营市2000级初中学生学术检查生物检验问题参考答案和评级标准I卷(共选择问题共50分)首先,选择问题:这个问题:这个大问题共有25个问题2分2分,共有50分。在每个问题中列出的四个选项中的每一个中,只有一个是最具成本效益的。 1.c 2.a 3.b 4.c 5.c 6.b 7.a 8.c 9.d 10.d 11. b 12. b 12.b 13.b14.a 15.c 16.d 17.b 18.D 19.D 21.A 22.C 23.D 24.A 25.C 1I卷(共选题共计50分)第二,只是回答ers:这个主题包括7个小问题,除了特殊标签除外,每个空的1分,总共有50分。 26.(8分)(1)芳香花香和甜蜜花粉的花序(2)多胚胎珠(3)先天性(4)鸡蛋,幼虫,成人(或四)身体分区,身体,脚和触摸节点,身体表面具有外部骨架(5)高锰酸钾等同于水27.(7分)(1)调查方法(2)体积舌(3个父母基因组合物含有隐藏基因,可以传递给后代(或遗传控制隐性性状的遗传能力)(4)DNA(5)TT(6)50%(或1/2)28。(7)28。评估中央(2)小脑(3)骨骼肌,骨骼和关节(4)细胞有机氧化(5)脑(5)脑和关节(4)细胞有机oXidation→右房子→右单独→肺动脉→肺毛细血管→肺(2分)29。(7分)(1)聚集的牙齿和摩尔(2)蛋白(3)的分化抑制微生物繁殖(4)能量食物链在转移过程中,较高水平,营养水平越高,能量流动期间的能量越多。这些动物直接或间接地与植物进行,因此营养水平远高于植物,能量消耗更多,因此肉通常比食品更昂贵。合理(2分)(5)血运30.(7分)(1)原始寿命原始海洋(2)营养模式(或可以制造有机物)界限(3)B古代爬行(4)C种子繁殖,孢子传播(5)从水生到蕾丝,从低到COMPLEX 31.(5分)(1)酵母的活性由水生到蕾丝维持。水温过高将减少其活性或死亡(3)温暖的环境促进酵母(4)二氧化碳(5)酵母的大量繁殖,以产生无氧呼吸以产生醇32.(9分)(1)温度,光,水分,土壤(2)(2)米→害虫→青蛙(3)基因(4)静水器(5)Tommo水可以促进植物生长(或妈妈水不能促进植物生长)1取两个等效的盆,种植尺寸,生长,和与同一植物幼苗相同,标签是A,B。(1点)2经常在植物中施放植物,水到箱的水中。 (1点)3在此时,观察两个盆中内部植物的生长。如果是培养植物的生长基础比盆地显着更好,它将表明水稻可以促进植物生长。如果罐中的植物的经度相似或不如垃圾箱,则会说明水稻水不能促进植物生长。 (1点)(其他合理的计划也可以得分)这是地理,选择的问题,(这个大问题7小问题,每个小问题2分,共14分,共14分)1,阅读四个景伟网络地图,判断以下陈述正确是一个,纬度纬度纬度和经度是20°e,50°Sb,西半球c,共同赛季和荆州市同意,丁思所有年漫长的夜晚缩短阅读我国东部沿海ContoUR Contour Map(右),答案2-3个问题:2。根据该图中的信息,判断出以下陈述不正确,海平面为100 - 。重50米B.这条路前往东南西北部到C,2,3是A-B两个村庄,计划建造公交线路。最适合的d,建设水坝,工程量小,图书馆容量大3,地区的叙述,正确的是:a,苹果是该地区最合适的总水果B,位于我的地区国家C类是该地区最严重的气象灾难D.该地区属于我国上海的晓明,正准备在暑假期间访问祖国。他设计了四条旅游线(如下所示),阅读图片回答4-5个问题。 4.在四个旅游线,不同干湿地的数量是最多的不同干燥湿地的数量是A,1 B,2 C,3 D,45。小冰源3线之旅下列景观是一个,美丽的江南水乡B,驼驼C,独特的Nadam会议D,华丽的黄河锅瀑布6,民歌可以反映自然地理特征或人文风格。 “早期佩戴皮肤交界处,水域,炉子周围的水域”,在这个民歌中反映的自然地理角色符合该地区是一个,热雨,华北平原B,冷干珠江三角洲C,变差Dadangnan Hills D.白天温差大,以下是以下声明,以下声明我既然A的正确,人口和城市主要分布在东北沿海沿海,农业是目前的领先行业C,孤立的大陆和一个环境使它到目前为止旧动物D,大多数矿产资源进口从United Statelsecond,阅读主题8,阅读“东南亚地区和相关气候数据”),完成以下问题(1)填写以下理由的图片:东南亚唯一的内陆国家;世界上最大的集团国家。 (2分)(2)A,B两种气候类型与气候型2个地区一致。(2分)(3)中南半岛的地形特征主要分布在(2分)。4月11日,2012年,菲律宾海军士兵拿走了中国钓鱼b黄岩岛的燕麦,引发了南海对抗。事件。以下是黄岩岛的案例是(2分),位于海南岛B,6号位置在图中,在热带地区C,行政部门属于广东9,阅读“中国大型地理区域图“,完成以下问题。 (1)完成1,2相关内容(3分)(3分)(3分)(2)3自然环境的主要特征是形成的主要原因(2分)(3)头 - 腾冲是我国的人口地理分布边界,我国的人口分布特征(1点)(4)简介2在其中有丰富的水能资源的原因E地区。 (2分钟)
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邵星颖)
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- 进化树的序列进化树,构建序列进化树的主要步骤是比对,建立取代模型,建立进化树以及进化树评估。 建立一个比对模型的基本步骤包括:选择合适的比对程序;然后从比对结果中提取系统发育的数据集,至于如何提取有效数据,取决于所选择的建树程序如何处理容易引起歧义的比对区域和插入/删除序列(即所谓的indel状态或者空位状态)。一个典型的比对过程包括:首先应用CLUSTALW程序,然后进行手工比对,最后提交给一个建树程序。这个过程有如下特征选项:(1)部分依赖于计算机(也就是说,需要手工调整);(2)需要一个先验的系统发育标准(即需要一个前导树);(3)使用先验评估方法和动态评估方法(推荐)对比对参数进行评估;(4)对基本结构(序列)进行比对(对于亲水氨基酸,推荐引入部分二级结构特征);(5)应用非统计数学优化。这些特征选项的取舍依赖于系统发育分析方法。 三种主要的建树方法分别是距离、最大节约(maximum parsimony, MP)和最大似然(maximum likelihood,ML)。最大似然方法考察数据组中序列的多重比对结果,优化出拥有一定拓扑结构和树枝长度的进化树,这个进化树能够以最大的概率导致考察的多重比对结果。距离树考察数据组中所有序列的两两比对结果,通过序列两两之间的差异决定进化树的拓扑结构和树枝长度。最大节约方法考察数据组中序列的多重比对结果,优化出的进化树能够利用最少的离散步骤去解释多重比对中的碱基差异。距离方阵方法简单的计算两个序列的差异数量。这个数量被看作进化距离,而其准确大小依赖于进化模型的选择。然后运行一个聚类算法,从最相似(也就是说,两者之间的距离最短)的序列开始,通过距离值方阵计算出实际的进化树,或者通过将总的树枝长度最小化而优化出进化树。用最大节约方法搜索进化树的原理是要求用最小的改变来解释所要研究的分类群之间的观察到的差异。最大似然方法评估所选定的进化模型能够产生实际观察到的数据的可能性。进化模型可能只是简单地假定所有核苷酸(或者氨基酸)之间相互转变的概率一样。程序会把所有可能的核苷酸轮流置于进化树的内部节点上,并且计算每一个这样的序列产生实际数据的可能性(如果两个姐妹分类群都有核苷酸“A”,那么,如果假定原先的核苷酸是“C”,得到的“A”的可能性比起假定原先就是“A”的可能性要小得多)。所有可能的再现(不仅仅是比较可能的再现)的几率被加总,产生一个特定位点的似然值,然后这个数据集的所有比对位点的似然值的加和就是整个进化树的似然值。 单一的进化树的数量会随着分类群数量的增长而呈指数增长,从而变为一个天文数字。由于计算能力的限制,一般只允许对很小一部分的可能的进化树进行搜索。具体的数目主要依赖于分类群的数量、优化标准、参数设定、数据结构、计算机硬件以及计算机软件。有两种搜索方法保证可以找到最优化的进化树:穷举法和树枝 跳跃法(BB)。对于一个很大的数据集,这两种方法都很不实用。对分类群数量的限制主要取决于数据结构和计算机速度,但是对于超过20个分类群的数据集,BB方法很少会得到应用。穷举法要根据优化标准,对每一个可能的进化树进行评估。BB方法提供一个逻辑方法,以确定那些进化树值得评估,而另一些进化树可被简单屏蔽。因此BB方法通常要比穷举法快得多。绝大多数分析方法都使用“启发式”的搜索。启发式现搜索出相近的次优化的进化树家族(“岛屿”),然后从中得到优化解(“山顶”)。不同的算法用不同程度的精确性搜索这些岛屿和山顶。最彻底也是最慢的程序(TBR,tree bisection-reconnection,进化树对分重接)先把进化树在每一个内部树枝处劈开,然后以任意方式将劈开的碎片重新组合起来。最快的算法只是检查一下相邻终端的不太重要的重新组合,因此倾向于找到最近的岛屿的山顶。降低搜索代价的最好方法是对数据集进行剪除。影响优化搜索策略选择的因素(数据量,数据结构,时间量,硬件,分析目的)太复杂,无法推荐一个简单可行的处方。因此进行搜索的用户必须对数据非常熟悉且有明确的目标,了解各种各样的搜索程序及自己硬件设备和软件的能力。除上述当前应用最广的方法外,还有大量的建立和搜索进化树的其它方法。这些方法包括Wagner距离方法和亲近方法(距离转化方法);Lake的不变式方法(一个基于特征符的方法,它选择的拓扑结构包含一个意义重大的正数以支持颠换);Hadamard结合方法(一个精细的代数方阵方法,对距离数据或者观察到的特征符进行修正);裂解方法(这个方法决定在数据中应该支持哪一个基于距离的可选的拓扑结构);四重奏迷惑(Quartet puzzling)方法可以为ML建树方法所应用,这个算法相对而言是个较快的进化树搜索算法。 已经有一些程序可以用来评估数据中的系统发育信号和进化树的健壮性。对于前者,最流行的方法是用数据信号和随机数据作对比实验(偏斜和排列实验);对于后者,可以对观察到的数据重新取样,进行进化树的支持实验(非参数自引导和对折方法)。似然比例实验可以对取代模型和进化树都进行评估。
- 2021-06-24 03:50:49
- zaijianshaoshi
- 如果可以看到生物进化树,动物演化的过程是:原始单细胞动物→无脊椎动物→脊椎动物。脊椎动物的演变是:生鱼→原始两栖→原始爬行→原鸟,乳房。因此,答案是:
- 2021-06-24 03:50:49
- 飞创科技
- 代表:生物的祖先,所有生物的来源
- 2021-06-24 03:52:19